Первый номер журнала «Собрание» вышел в мае 2004 года. Его основатель и идейный вдохновитель по сей день — Валерий Павлович Новиков. Он долгое время работал в пиар-отделе «Газпрома», выпускал деловой журнал на двух языках, но с юности любил живопись и много общался со столичными и региональными художниками и искусствоведами. «Я предложил “Газпрому” делать не лобовую, а имиджевую рекламу: искать талантливых художников в регионах, организовывать в Москве их выставки, закупать избранные картины в своё собрание», — рассказывает Валерий Павлович. К каждой выставке делался каталог, события активно освещали медиа. Художники получали материальные средства и шанс на известность в кругу коллекционеров.

Выйдя на пенсию, осенью 2003 года Валерий Павлович собрал редакцию, зарегистрировал журнал (по тогдашней моде название писалось через i — «Собранiе») и нашёл спонсоров. Один из них, Иван Эмануэль, потомок героя войны 1812 года, был бизнесменом и коллекционером икон.
«Я сказал ему: вы собрали 120 выдающихся икон. Кто, кроме вас и близких, их видит? А когда о них будет научная статья в журнале, они войдут в научный оборот, даже стоимость их поднимется. И таких коллекционеров собралось два-три человека», — вспоминает Новиков.

С именем и тематикой издания определились быстро: «Я хотел, чтобы это было собрание замечательных искусствоведов, художников. Форум, где будут общаться люди, которые отдали искусству жизнь. Чей язык будет научным, но и понятным для всех, кто интересуется искусством, но может не знать тонкостей и терминов».

Главным редактором «Собрания» до 2025 года был Александр Клавдианович Якимович, доктор искусствоведения, член-корреспондент Российской Академии художеств. В первом номере приглашённые авторы-искусствоведы писали об уникальной Библии Ивана Фёдорова из частного собрания, принадлежавшей когда-то Николаю II, о владимирской школе живописи, о коллекции Сергея Морозова и живописи Василия Поленова.

Журнал тиражом 1000 экземпляров выходил четыре раза в год и распространялся в основном в художественных вузах и лицеях Москвы, рассылался в библиотеки и профильные музеи. Валерий Новиков вручал бесплатные экземпляры заинтересованным посетителям его галереи «На Чистых», которую он создал одновременно с журналом.

Постепенно у журнала появился круг постоянных читателей – экспертов, коллекционеров. В «Собрании» никогда не было рекламы: все расходы по подготовке журнала и его выпуску ложились на плечи спонсоров. Жизнь культурная и политическая вносила свои коррективы, владельцы менялись несколько раз.

Например, в 2017 году изменился формат журнала, прошёл его редизайн. Отказались от прежних рубрик («Идеи», «Находки», «Лица», «Хроника» и пр.): журнал выбрал жанр альманаха, вбирающего максимально широкий круг тем, связанных с искусством по принципу «познавательного универсализма».

Так продолжалось до 2024 года. Новым владельцем журнала стал частный Музей русского и европейского изобразительного искусства. Сменился и главный редактор — им стала директор Музея, искусствовед Надежда Проказина.

За несколько месяцев журнал был реформирован, собрана новая редакция, привлечены авторы (новые и уже публиковавшиеся). Надежда рассказывает: «Во-первых, общим было желание сделать журнал более структурным: вернуть в журнал постоянные рубрики, ясно выстроить подачу материала. Во-вторых, хотелось выработать свою стратегию в подборе статей, в центре которых хотелось бы видеть исследование самих памятником искусства, чаще – ещё не публиковавшихся. В обновлённом журнале произведения выдвигаются на первый план и получают самый разные контекстный анализ».